Todo fanático é dono da razão, é assim na política, religião, futebol, gostos pessoais e etc.
O problema não é a religião, é o fanatismo.
O termo certo é discordância, e discordar é algo normal, faz parte de qualquer sociedade sobre qualquer tema.
O problema é que algumas pessoas usam as discordância como motivo de agressão física/verbal, aí já se torna um problema.
O catolicismo segue doutrinas tradicionais da igreja, pois eles consideram a igreja como complemento às escrituras, já o protestantismo acredita na supremacia das escrituras, ou seja, só o que está escrito literalmente na bíblia é o que vale.
Para o católico, a igreja também tem um papel fundamental e ela se torna tão importante quanto as escrituras, pois eles enxergam a igreja como a continuidade da igreja de Pedro, embora não haja provas de que foi Pedro que fundou a igreja católica, nem que ele tenha sido o "primeiro papa".
Enfim, são vários pontos de discordância, mas basicamente é isso o que ambos consideram sagrados e parte da continuidade de Cristo:
Catolicismo: escrituras, igreja e papa
Protestantismo: só as escrituras