O que é quarentena? Parece não ter nada a ver com 40.

Talvez você esteja confusa porque, no Brasil, ainda, estamos sob isolamento. Há várias diferenças entre uma coisa e outra. A começar pelo prazo que, na quarentena, como o nome sugere, dura ao menos 40 dias. No isolamento esse tempo é bem menor, 14 dias.
Como o isolamento é visto mais como um ato de civilidade do que uma obrigação, não vai haver ninguém controlando as ações da pessoas. Já na quarentena é diferente, que por ser uma medida altamente restritiva, pode haver consequências há quem desobedecer.

Esse termo vem desde Portugal quando os Colonizadores ficam nos Portos

Eu acho que esse termo remete à informática. Quando vc isola um vírus.