Uma igreja pequena que fatura 5 mil por mês gasta quanto mensalmente entre contador, limpeza, luz, água, seguro?

Depende do valor do IPTU, consumo varia com as atividades, tem também o custo com recursos audiovisuais, quantidade de cestas básicas que distribui, se ajuda algum missionário em local complicado, se precisa fazer alguma obra de reparo...
Com R$5mil, pouco provável que contrate um contador.

tem o aluguel do predio também´, não tem como saber cada igreja tem seus gastos

Na minha igreja não tem contador mas todas as entradas e saídas vão pra uma planilha detalhada que fica a disposição de todos no quadro de anúncios e todas as notas são guardadas num arquivo. Não há necessidade de ter muito dinheiro na igreja pq todos os líderes trabalham em empresas ou tem seu próprio negócio e não vivem com o dinheiro da igreja. Em média entra uns 2 mil reais por mês na igreja e não precisa mais que isso. É só pra pagar água, luz, material de limpeza e higiene. O que vai sobrando fica numa conta pra fazer pintura e reformas anuais do prédio.