Eu sou ateu mas quando a pessoa me manda um "Deus te abençoe" eu respondo "amém" normal. Outra coisa é tipo um "Meu deu do céu ,cara!" quando eu fico surpreso, "mano mas isso é um inferno" quando fico preso em alguma parte em um jogo kkk ou um "Jesus cristo de nazaré" quando- Eu não lembro, mas uso!
Fora isso, uso nada dessas.
Não evitam. São expressões comuns, de fácil entendimento e que o ateu cresceu ouvindo. Não há razão para descartá-las, a menos que ele não esteja bem resolvido e fique lutando contra Deus querendo provar a não existência. Neste caso, ele será um revoltado, não um ateu.
Comparativamente, evangélicos também falam "Nossa Senhora", uma expressão católica de adoração a Maria, algo que o protestantismo condena.
Tenho um amigo que é ateu e ele fala. Mas ele diz que fala mais como força de expressão, porque ele tem amigos de todas as crenças e ele não se importa com isso.