A moralidade está entre o instinto e a razão?

Não, está no caráter.

Não. É um eixo totalmente distinto. "O instinto x A razão" diz respeito à capacidade de se controlar para tomar decisões conscientes, mas não necessariamente melhores para as outras pessoas, podendo ser egoístas e até inescrupulosas, desde que lógicas. A moralidade opera levando em consideração todos, e pode ate não ser bom para a própria pessoa, ocupando-se de sacrifício.
Resumo: são métricas diferentes.

Na emoção.

Para Nietzsche a moralidade é só uma ficção usada pela orda de seres humanos inferiores para conter os poucos seres humanos superiores!