Como fazer pra não deixar salvo as mensagens do whatsapp web?

Não sei.

Se é computador da empresa, eles têm direito a ver tudo que é acessado.

Infelizmente, não é possível evitar que as mensagens do WhatsApp Web fiquem salvas no computador da empresa, uma vez que elas são sincronizadas entre o celular e o PC. Recomendo ter cuidado ao usar o WhatsApp em dispositivos compartilhados e certificar-se de fazer logout após o uso para garantir sua privacidade.

Não sei