Isso é algo bem comum, praticamente todos tem ou já teve isso. A maioria das pessoas tem dois furinhos nas amídalas dos dois lados. Com o tempo, conforme você se alimenta, pequenos resquícios de alimentos adentram e se alojam nesses buraquinhos, formando "pedrinhas". Isso são resquícios de bactérias, alimentos e etc... Por isso o cheiro desagradável.
Há pessoas que fazem cirurgia para fechar esses "buraquinhos" nas amídalas, impedindo o surgimento desses caseos.