Ao meu ver, o correto é todo mundo começar e terminar junto. Pode se considerar que a instituição é bagunçada ao juntar alunos do 2 Semestre com o do 1 Semestre?
A maioria das faculdades privadas que conheço, acontece muito isso. Minha prima é um exemplo, já é a segunda graduação dela, nas duas iniciou no 3° período.