Depende muito de qual é a finalidade do remédio, eu tomo um inibidor seletivo de recaptação de serotonina, nunca tive efeito colateral parecido.
Porém há remédios como os que são utilizados para redução e controle do colesterol famosas "Estatinas" que costumam ter como efeito colateral a dor muscular principalmente se essa pessoa faz exercício físico.
Isso acontece pois mexe diretamente na função mitocondrial que é basicamente produzir ATP, gerar "energia" pra célula, equilibrar o cálcio para que a contração muscular aconteça.
Quando a sua capacidade de contração muscular diminui, o corpo se esforça muito mais para tentar compensar e manter o funcionamento e isso resulta em dor muscular.