Muitos costumam usar esse filósofo como símbolo do ateísmo e que não acreditava em Deus, mas há controvérsias.
1) No livro "A Filosofia na era trágica dos gregos", Nietzsche diz que acredita no Noûs (νοῦς) cósmico. O que é 'Noûs cósmico"? É, segundo Anaxágoras de Clazômenas, o princípio cosmológico inteligente, eterno e ilimitado, capaz de ordenar os elementos materiais que compõem o universo.
2) No 'Romance filosófico' "Assim Falou Zaratustra", o protagonista afirma que "Deus está morto". Sendo assim, tudo que morre só morre porque viveu durante determinado tempo. Daí é possível depreender duas coisas: 1) se o pensamento de Zaratustra for o mesmo de Nietzsche, Nietzsche não era ateu; se o pensamento de Nietzsche não é igual ao de Zaratustra, nada poderemos concluir.
3) Até onde me lembro, no livro "O Anticristo" Nietzsche não nega nem afirma a existência de Deus. O filósofo apenas diz que "o cristianismo não é benéfico" (ele se baseia no equívoco de que a misericórdia é prejudicial). Já em "Para além do bem e do mal", o pensador germânico declara que "o cristianismo é um platonismo para ignorantes". Ainda que Nietzsche estivesse certo, Platão defende, mais precisamente no "Timeu", a existência de um "Criador e mantenedor do Universo".
4) Sua famosa frase "Deus está Morto" não se trata do Deus vivo imortal, mas sim de que o "Deus" foi morto pelos seus próprios fiéis com o avanço do racionalismo, liberalismo, progressismo e secularização. Sendo assim a humanidade não dependeria de "Deus" para algo.
5) Existe um texto bem conhecido vinculado a Nietzsche chamado "Oração ao Deus desconhecido", praticamente uma busca por algo maior.