Deus nem é uma pessoa, quando eu era criança ficava imaginando Deus como um homem num trono...
Acredito que usam no masculino por conveniência, vindo de uma religião de patriarcas.
Porque o substantivo masculino, historicamente, sempre foi utilizado para figuras neutras. Deus é como um anjo, este também não têm gênero, mas vão intitular de "a anja"? Não faz sentido né!
Não É homem nem mulher. A questão é que biblicamente o homem (porque foi criado primeiro) foi feito à imagem dEle, o que significaria que faz mais sentido chamar no masculino por simples conveniência.
O machismo não é de hj, então preferiram inventar um deus homem, um deus que é o "pai" de tudo que existe. Então a mitologia seguiu esse pensamento das pessoas.