O preservativo não é totalmente eficaz na prevenção do contágio do HPV?

não é isso, é pq os fluidos que contem o vírus, e que são viscosos, as vezes acabam passando por qualquer brecha que aparece, ate mesmo por microfissuras que podem ocorrer por atrito na área da pele que não está protegida pela camisinha, a chance é muito remota mas pode ocorrer, somente por isso a camisinha não é 100% eficaz, mesmo quando ela não arrebenta, mas como método preventivo é o mais eficaz.

até pq se o HPV pudesse passar por qualquer micróporo na camisinha, o HIV e outros vírus tbm poderiam, e não faria sentido recomendá-lo como método preventivo.

porém vacina + camisinha é melhor ainda

9) Como é possível se prevenir? Ainda que a camisinha não consiga proteger totalmente o contágio do HPV, ela é muito indicada para diminuir a chance de transmissão desse vírus e de outras doenças, como hepatite B, HIV e sífilis. Outra maneira de se prevenir é fazer o papanicolau anualmente. No entanto, a medida mais efetiva nos dias de hoje é a vacina do HPV, que é extremamente segura e eficaz...

Saiba mais, quem sabe ajude > https://www.uol.com.br/vivabem/noticias/redacao/2017/11/28/camisinha-impede-contaminacao-por-hpv-12-perguntas-e-respostas-sobre-virus.htm

Para o HPV, a camisinha não é eficaz, mas isso não tira o poder preventivo dela contra HIV, sífilis e Hepatites.