Só por ela ser ateia, não.
Dependeria de fatores, como: se ela tenta me influenciar, se ela zomba da minha fé (e portanto, de mim tbm), essas coisas. Isso não é algo restrito a ateus, por isso disse que "só por ela ser ateia", não.
Inclusive já tive um melhor amigo que é/era ateu, e eu do tipo que ia pra igreja bonitinho. Só que não tava dando certo mais.
É bom você ter um relacionamento saudável com quem tem uma crença diferente da sua, mas ser alguém muito muito próximo, aquele supra sumo da sua confiança, é difícil. Sempre "bate" uma hora. É um relacionamento, né, assim como é relacionamento namoro, casamento, etc.
Se fosse uma pessoa do meu convívio não afastaria não, mas não me relacionaria com um homem que não acreditasse em Deus, porque para mim a base de uma união é concebida/movida por Deus.