Eu acho que o sexo não deveria ser considerado anti-higiênico, mas entendo o viés dessa consideração, porque ele envolve partes do corpo humano que servem para outros fins socialmente considerados "sujos".
Mas se os dois fazem a higiene regularmente e bem feita, não há problema, como você disse é algo natural. A libido realmente afeta esse julgamento, mas esse julgamento também pode afetar a entrega no ato sexual e prejudicar a experiência de prazer de pelo menos uma das partes. Logo considero que essa visão de sexo ser anti-higiênico não faz tão bem.
Viver é estar e viver num mundo cheio de vermes, tudo é nojento e no sexo não seria diferente. O que se pode ser feito, é tentar ter a melhor higiene possível. Mas também nada frescurento.