A segunda.
Vc tá invertendo a ordem da frase "Não existe mais linda do que isso". E nesse caso, a virgula sinaliza a inversao na ordem das palavras. Portanto, a segunda opçao.
Ambas as formas são gramaticalmente corretas, mas a escolha entre elas depende do contexto e da ênfase que você deseja dar à afirmação.
"Mais linda que isso não existe": Nesta forma, a ideia é que não há nada mais bonito do que isso.
"Mais linda que isso, não existe": Nessa alternativa, a vírgula indica uma pausa e destaca a segunda parte da frase, dando ênfase à ideia de que não existe algo mais bonito.
Ambas as construções são aceitáveis, e a escolha entre elas depende do estilo pessoal e do impacto desejado.